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分子克隆實驗的流程及注意事項--四、定點突變
發布時間： 2025-03-24 點擊次數： 986次四、定點突變
定點突變引物設計與PCR擴 增
1. 引物設計要求：5’- 15-21bp 反向互補區域 + 至少 15bp 非互補區域 -3’，反向互補區域 GC含量 40%-60%，待突變位點至引物 3 ’ 端 Tm 值 >60°C。根據實驗需求選擇對應模塊進行引物設計；
2. 建議使用試劑盒搭配的擴增模塊進行 PCR 擴增，并摸索退火溫度，優化反應體系和程序；
3. PCR 擴增體系的模板質粒投入量推薦 50 μl 體系投入 1 ng，擴增循環數應當≤ 35 個。擴增產物DpnI消化和純化回收
1.取 5μl 擴增產物進行瓊脂糖凝膠電泳鑒定，判斷是否存在目的大小的條帶后，剩余產物使用 DpnI 消化（45μl 擴增產物加入 1 μl DpnI，輕輕吸打混勻后，在 PCR 儀中 37°C反應 1-2 h消化質粒模板，再 70°C反應 15 min 使 DpnI 失活）；
2. 推薦使用切膠回收的方式純化（切膠時間最好控制在 3 min 內，避免紫外照射對 DNA 的損傷），回收濃度使用 NanoDrop/OneDrop 等儀器檢測，濃度應≥ 20ng/μl，并跑膠鑒定回收產物是否為單一目的條帶；3. 回收濃度低時，可通過增加反應體系，采取多管反應單管回收的方式，提高回收產物的濃度。
重組反應
1.連接反應體系按照說明書要求計算投入量，體系中各組分投入體積≥ 1μl，若濃度過高可稀釋后使用；
2.連接反應程序按照說明書要求進行，建議在 PCR 儀中反應。感受態轉化
1. 連接產物轉化的感受態細胞選擇使用 DH5α、Fast-T1 等克隆用化學感受態細胞；
2. 感受態細胞不可反復凍融使用，-80°C取出后建議一次用完；
3. 重組產物體積與感受態細胞體積的比例為 1:10，推薦 10μl 重組產物加入至 100μl 感受態細胞或 5μl 重組產物加入至 50μl 感受態細胞；
4. 熱激時間：按照感受態細胞說明書操作進行；
5. 平板抗生素抗性：平板使用抗性與轉化的載體抗性需保持一致；
6. 菌液涂板體積：將菌液離心（2500×g，3min），移液槍吸取丟棄多余 LB 培養基，保留100μl 重懸后全部涂板；或吸取合適體積涂板。常見問題分析：
質粒模板無法正常擴增
1. 引物設計錯誤：反向互補區域長度應為 15-21bp 之間，過長過短均影響重組效率；GC 含量以 40-60% 之間最適，超出范圍影響重組效率。建議使用 CE Design 在線設計；
2. 質粒模板質量差：凝膠電泳檢測質粒模板，若出現開環、線性條帶、拖尾等條帶，說明模板質量差，需重新制備；
3. PCR 反應體系 / 程序設置不當：質粒模板投入量過多會抑制 PCR 反應，建議 50μl 體系投入 1ng；基于上下游引物 Tm 值，設定適宜范圍進行梯度摸索；質粒長度超過 8kb 時，可嘗試變更為雙 / 多點突變策略，分段擴增。非目標位點堿基突變
1. 測序克隆數過少：測序克隆數只有 1 個時，測序信息部分可信，建議多測幾個單克隆，檢查突變處的測序信號是否有問題，分析突變是否從模板引入；2. 突變位置：若堿基突變位于引物處，建議重新合成引物再次實驗；位于其他部位的突變，應當使用高保真酶重新制備模板再次實驗。
目標位點未成功突變 / 假陽性
1. 質粒殘留，重組效率低：質粒模板投入量過多會抑制 PCR 反應，建議 50μl 體系投入 1ng；使用 DpnI 消化擴增產物并切膠回收；2. 重組反應體系不符合要求：產物切膠回收且回收濃度不低于 20ng/μl；回收產物按說明書
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公式計算投入量；濃度過高時需稀釋使用，保證體系投入體積不小于 1μl。
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